Специально для работы с файлами MPEG существует клон этой программы VirtualDub-MPEG2, в котором можно разрезать файл или вырезать из него кусок. Есть одно НО: резать можно только по ключевым кадрам, которые обозначаются латинской буквой I рядом с номером кадра и временем, например: Frame 2160 (0:01:26.400) [i]. Если место разреза выбрано по кадрам Р или В, то фрагмент может не вЫрезаться или вЫрезаться неправильно. В настройках аудио и видео устанавливаете прямопотоковое копирование. При этом сами кадры перепаковываться не будут, и качество видео не ухудшится. Найти ближайший ключевой кадр к месту выреза можно, нажав соответствующую кнопку с нарисованном на ней ключом.
Кстати при работе с программами VirtualDub или VirtualDubMod при обрезке файла AVI, кодированного кодеками XviD, DivX и некоторыми другими, место разреза нужно назначать тоже на ключевых кадрах, которые обозначаются К: Frame 37611 (0:26:08.694) [K]. В этом форуме ранее этот вопрос поднимался.
Желаю успехов.