Только перекодированием каждого куска по отдельности с одинаковыми настройками видео- и аудиокодеков.
Кроме того, VirtualDub и VirtualDubMod отказывабтся клеить, если звук закодирован с переменным битрейтом (VBR), поскольку в контейнере AVI по стандарту звук должен быть только с постоянным битрейтом CBR).
Если GSpot или аналогичная программа показывает, что звук VBR, надо для каждой части извлечь звук, установив кодек "<no compression (PCM)>", затем каждую часть закодировать в режиме прямопотокового видео, выбрав в качестве источника звука WAV аудио, кодек MP3 и ту же частоту дискретизации, что и у оригинального звука; битрейт на ваше усмотрене (но одинаковый для всех частей). Ну, а затем склеивать переозвученные части.