В mka битрейт отображается лучше чем где либо. Там можно хоть кучу параметров запихнуть, будь то пиковый битрейт и так далее. Просто не все кодировщики/упаковщики хотят это делать. ffmpeg зачастую не хочет если ему явно не сказать. А MKVToolnix(на основе ffprobe) подсчитывает и проставляет средний битрейт.
Если вырезаешь АДИНИКСБЕТ и проставляешь оригинальную дорожку переконвертированную в AAC, то пусть она будет и громче и тише. Но ничего не мешает для небольшого кусочка переконвертировать с повышением громкости.
необходимую точность при врезках - а при накладывании - всегда получится? 21 миллисекунда(0,021) - это полкадра видео(при 25 кадрах в секунду). Ты даже не поймёшь куда тебе лучше отрезать - влево или вправо. Конечно если 100 раз куда-то что-то отрезать, склеить, переконвертировать, потом снова и снова, то лучше в какой-то момент синхронизнуть куски. Но 0,021 секунда в аудиоозвучке - это просто ни-о-чём. Столько же рассинхрона ещё накинется на постобработку звука и видео на ТВ.
losslell-cut - я не нашёл как нарезать видео+аудио, но оставлять только аудио. Не умеет он так. (или не умел год назад - не знаю как сейчас). Я вообще искал такую программу, когда можно было взять два видеоряда и их озвучки, отметить куски и потом выдать только аудио без переконвертирования(тем же склеиванием если в одинаковом формате). Не нашёл.
Чужую сборку я бы прогнал сначала через virustotal. В описании не увидел qaac+сам энкодер из itunes. А с ними больше всего проблем при подборе работающих комбинаций.