А если примерно половину торрентов остановить (чтобы осталось меньше 1204), обновление оставшихся проходит? Если да, попробуйте, подождав минут 5-10, запустить остановленные торренты и понаблюдать за дальнейшим развитием ситуации.
Cкрытый текст -
На своём 2.0.4, когда там было более 1500, а иногда и более 2000 активных торрентов, такой ситуации в массовых масштабах не наблюдал. Изредка "застревали" 1-2-5-10 торрентов, но, правда, "застревали" так, что ни изменение времени, ни "стоп" - "пуск" не помогали, помогало только добавление ещё одной строки анонсера (отделённой от остальных пустой строкой) с последующим удалением строки "застрявшего" анонсера (ну, или перезагрузка клиента). Сейчас, к сожалению, не могу поэкспериментировать: один за другим сдохли несколько винтов, на оставшихся в строю места совсем мало.
Какие клиенты пробовали? Анонсеры на "застрявших" торрентах разные?