Можно пересобрать в DVD-ремукс, конечно.
С одним НО: если смотреть с носителя на медиаплеере, то вполне возможно, что он в mkv не будет воспринимать флаг анаморфа и придется средствами телевизора переключать в нужный аспект (4:3, 16:9).
И, само собой, никакого меню, допов и пр.
Для того, чтобы пересобрать в DVD-ремукс, нужно разложить основной фильм DVD на потоки видео, аудио, субтитров (субтитры в sup, кстати, тоже могут не читаться в медиаплеере TV). Извлечь чаптеры (файл разбивки на главы).
Все это делается в утилите
PGCDemux.
А затем собрать все в mkvmergeGUI из пакета утилит
MKVToolNix.