Нет, не ухудшается. Просто обычно ставится Film:Standart
Для сохранения исходной дорожки в случае, когда не нужно перетягивать дорожку, а просто кое-где добавить тишину, кое-где обрезать. Или, например, вставить кусок заставки (титров) без перевода в начало или конец дорожки, то лучше обходиться без перекодирования.