"Емкость" флешки уменьшилась, т.к. Х-коробка
использует 512 мбайт для системных нужд.
Попробуйте воспользоваться рекомендациями
отсюда.
Описанная ситуация отличается от Вашей, но приведенные шаги должны помочь Вам вернуть флешку в исходное состояние.