А какой смысл в этом? Все равно нужно сначала объединить все вобы основного фильма в один.
Делается это в проге SmartRipper. В ней же можно выбрать нужные дороги, остальные, если надо, удалить.
Тогда какой смысл паковать потом в mkv, не пойму.
Грамотнее сделать рип AVC - если сжимать в x264 с хорошими настройками, то получится гораздо меньший размер файла при фактически незаметной потере в качестве.
К тому же можно будет обрезать лишние черные поля (кропинг).
Единственный минус - это надо уметь делать и на это уходит время.