Лучше добавить кусок в начало.
Создать файл длиной в разницу в том же формате - можно взять кусок из оригинальной дороги и добавить в начало в режиме копирования, создав батник такого содержания:
copy /b [файл_вставки] + [файл_аудио] [файл-результат]
Например,
copy /b start.ac3 + rus.ac3 result.ac3
Батник положить в папку с файлами и запустить