Для уменьшения размера видео его нужно перекодировать. mkvmerge не предназначен для этого. Это делается в программах-конвертерах (XviD4PSP 5 или MeGUI, например).
Функция переключениями между дорожками реализуется в плеере.
Для удобства навигации, дорожки в mkvmergeGUI можно обозначить и выставить язык.