Можете. Правда, в самом мюторренте через гуи данная функция по непонятным причинам не реализована, в отличие от других торрент-клиентов. Добавьте айпишник пира в ipfilter.dat (в папке пользователя - application data - utorrent) либо блокируйте айпишник посредством файрвола.