Причин может быть масса. От загрузки канала сторонними приложениями или "работы" малвари (зловредов) до нехватки мощности рутера/модема (банально не справляется с большим кол-вом соединений, "подвисает").
Для начала забудьте про "Ну что то потыкав в настройках, все заработало". Настраивать надо не абы-как и на авось не надеяться. Есть замечательная
инструкция, сделайте все по ней.
Также проверьте порт на доступность при помощи
//2ip.ru/check-port (подробнее - в той же инструкции). Если закрыт, читайте рекомендации в все той же инструкции, а также
тут.
В разделе BitTorrent в настройках мюторрента отключите опцию "Управлять скоростью [uTP]".
Если инет не через адсл и имеется возможность подключить машину к сети без участия рутера - сделайте это и посмотрите, не изменится ли картина.