Ну, если система стоит на одном диске, а софт на другом, то при сносе и переустановке системы софт сохранится, однако не будет прописан в меню Пуск в новой системе. Поэтому все проги придётся запускать через exe-шный файл, в папке, куда они установлены. Тем не менее, я не исключаю возможности конфликтов и глюков в работе прог на новой системе, поэтому, конечно же, было бы грамотнее переустановить софт. Решение - за Вами.