Во-первых, это могла быть "Зеленая серия" - с пониженным энергопотреблением, для чего обороты снижены до 5400 об/сек, из-за чего скорость чтения у них ниже, а для системы рекомендуются высокоскоростные винчи.
Во-вторых, винчи большого объема (терабайтники), в которых используются блины с высокой плотностью, также имеют больше ошибок чтения из-за высокой плотности и повышенное время поиска из-за большого числа секторов. Для хранения данных это несущественно, т.к. есть коррекция ошибок, но загрузка опрационной системы замедляется. Могут быть также особенности логической адресации винчей большого объема, в которых могут не разбираться процедуры чтения на начальном уровне загрузки (особенно на уровне BIOS).
Это не значит, что такие винчи непригодны для усановки ОС, просто фирма ответственная и на всякий случай не рекомендует винчи для установки ОС, чтобы обеспечить быструю и надежную загрузку.
Выше правильно сказано, что для системы лучше использовать винчи малого объема (не более 80 - 120 ГБ), у которых меньше проблем.