Грамотно работать со структурой DVD надо (выкидывая файлы, Вы нарушаете её, отсюда и "проблемы" с воспроизведением).
PS Кто Вам посоветовал такой варварский способ (вырвите ему язык )?
Если Вам нужно переделать DVD9 в DVD5, то это совершенно другая тема
DVDFab Platinum 3.2.1.0 Final Копирование DVD 1:1, DVD9 в DVD5, Снятие защиты
или
DVD9 в DVD5: для продвинутых чайников