А модель флешки какая? Есть такие, которые невозможно форматировать в другую ФС, кроме той, что была установлена изначально. И никакие программы здесь не помогут. Зачем так сделано - не очень понятно, но сути это не меняет.
P.S.В NTFS какой версии проводились попытки форматировать?