Делается то делается, но не факт, что без багов.
VirtualDubMod - взломанная версия VirtualDub (причем более старая, чем последняя VirtualDub - отстает порядка на 5 релизов), в которой добавлены функции работы со звуковыми потоками и переделан интерфейс, а для этого выброшены некоторые процедуры исходной версии. И не факт, что не выдрали "с мясом" и не задели что-нибудь нужное.
Поэтому
Altaf правильно сказал: VirtualDubMod целесообразно использовать только для того, чего нет в базовом VirtualDub, т.е. для работы с несколькими звуковыми потками (удалять, добавлять, переставлять местами). Даже конвертирует и сохраняет звук в WAV исходный VirtualDub лучше и стабильнее, чем VirtualDubMod, не говоря уж о работе с видео.