Фильтры работают только в режиме полной обработки. Программа раскрывает каждое изображение, а потом новое изображение пересчитывает при компрессировании. Сначала зайдите в Файл/Информация о файле... Спишите там видеопараметры, потом при обрезке выберите Видео/компрессия, там найдите свой видеокодек и задайте предыдущие параметры фильма. Потом на пересчет.