Как вам будет угодно.
Это ваш выбор - в какие папки складывать скачанное.
А делается всё не просто, а очень просто!
Если у вас в настройках клиента жёстко прописана папка, то удалите её из настроек и снимите вот эту галочку.
Тогда клиент при добавлении каждой закачки будет спрашивать - куда её сохранить. И тут ваша фантазия может развернуться...
И не беспокойтесь по поводу старых раздач! Это забота клиента - помнить что из какой папки раздаётся. Старые закачки продолжат раздаваться (для них же ничего не изменилось?), а новые клиент будет раздавать из тех мест, куда он их положил по вашему указанию.