Для операции по добавлению дороги в контейнер MKV понадобится программа 
mkvmerge GUI. Официальный сайт, где можно скачать последнюю версию программы 
здесь
Запускаем программу, открываем в ней видеофайл через кнопку 
Add (1) или перетаскиваем файл мышкой в окно программы. Точно таким же способом добавляем в программу нужную звуковую дорожку (указано 
->). По умолчанию в контейнер добавляется последним потоком. При помощи кнопки 
up (2) задаем каким потоком нам нужно, чтобы шла добавляемая зв. дорожка. По желанию в поле 
Track name пишем название звуковой дороги, ниже выбираем язык. Указываем имя и путь для сохранения кнопкой 
Browse (3) и жмем 
Start muxing (4).