Avisynth нужен для того, чтобы открыть видео, скажем mkv, в VirtualDub. Но у вас же вроде avi. Так что Dub и сам справится. В VD предлагается сравнить видео на предмет недостающих моментов в одном из них.
В последний раз я клеила звук от нашего SATRip'а к зарубежному DVDRip. Мне нужно было сначала перегнать звук из PAL в NTSC, а потом вписывать приблизительно по 2 секунды тишины через каждые 15-20 минут (так как в этих местах была реклама). И эти моменты я искала на слух. Приклею звук, слушаю: совпадает ли звук с движением губ актеров. Как пошел рассинхрон - режу в этом месте и редактирую. Может и у вас такая ситуация?