У Вас в принципе одинаковые файлы, расхождение в битах видео незначительное, поэтому просто откройте первый файл с VDM в меню File - Append segment - указываете на второй файл и сохраняете в ави (F7) присвоив новое имя файлу. Не забудьте про прямопотоковое копирование.
P.S. Высказывание товарища выше - просто бред какой-то.