Для извлечения дорожки из MKV используем программу 
MKVextractGUI, которая входит в пакет 
MKVtoolnix Официальный сайт, где можно скачать последнюю версию программы 
здесь
Скачать + 
зеркало
Запускаем 
MKVextractGUI. Грузим файл mkv через кнопку 
Добавить
1. ставим точку на 
Other
2. указываем путь для сохранения
3. выбираем дорожку, которую нужно извлечь
4. кликаем 
Extract