Как уже писали выше если надо только контейнер MKV то MKVmerge GUI.
Если надо еще контейнер MP4 то staxrip,в ней собрано много инструментов в том числе и MKVmerge GUI. Есть режим Copy/Mux. Без проблем можно вытащить файлы с других форматов,например avi, все что нужно закинуть видео в программу и она сома создаст папку файлами.
+ еще 100500 возможностей у программы.
[IMG]
[/IMG]