Здравствуйте.
Сообщения из личного ящика удаляются автоматически системой через некоторое время. Это сделано для снижения нагрузки на БД.
Сообщения в архиве сохраняются достаточно длительное время. И никем, кроме как Вами самостоятельно, они не могли бы быть удалены.
Причиной удаления сообщений может быть простановка галочек при ответе на сообщение:
По умолчанию при ответе на ЛС Ваше сообщение не сохраняется в папке "Отправленные", а входящее сообщение, на которое Вы отвечаете, удаляется. Обратите внимание на то, как по умолчанию отмечены соответствующие пункты галочками в правом верхнем углу сообщения при ответе:
Этого можно избежать, если галочку с "Удалить после ответа" убрать, а также поставить "Сохранить в отправленных".
По умолчанию сделан именно такой выбор галочек для уменьшения нагрузки на БД сервера. Если бы по умолчанию у тысяч пользователей все сообщения бы сохранялись, время отклика у БД существенно бы возросло.