А зачем Вы файлы с одинаковым именем складываете в одну папку?
Если это делать, то первый файл будет заменён вторым, но никак не сможет склеится образовав третий, отличный от первого и второго.
Скорее всего, Вы что-то своё имеете ввиду под словом "накладывались" .