Он портативный.
Settings.dat лежит в папочке с ехе-шником.
А я вот сколько раз сталкивался. Стоит поменять версию, и, как по волшебству, может пропасть даже "Диск перегружен".
Загадка...
ЗЫ... Для эксперимента можно запустить две версии клиента. Вторая версия запускается:
"C:Бла-блаБла-бла-блаutorrent.exe" /RECOVER
Только обязательно во второй копии поставить порт отличный от первого.