Для начала прочтите это
//subs.com.ru/page.php?al=subtitles_synchronise - синхронизация сабов с фильмом
Вам пожалуй стоит особо обратить внимание на
"Проблема 2: Сбитое время начала и частота кадров"
Вклеить сабы в контейнер с фильмом можно программой
mkvmerge GUI //forum.kinozaltv.life/showpost.php...4&postcount=29 показано правда на примере аудио дороги,, ну ничего страшного, по тому же принципу все идет.