Как говаривал один персонаж: "Мафия...". Есть несколько мыслей.
Первое. Проверить комп на вирусы сканерами
//www.freedrweb.com/cureit/,
//devbuilds.kaspersky-labs.com/devbuilds/AVPTool/ и обязательно
//z-oleg.com/secur/avz/download.php.
Второе. Перед закрытием клиента останавливать закачки (не на паузу, а на стоп), а потом уже закрывать его.
Третье. Пока не придумал.